这里指的是为实现CNC系统各项功能所编制的专用软件，即存放于计算机内存中的系统程序。它一般由输入数据处理程序、插补运算程序、速度控制程序、管理程序和诊断程序等组成。现分述如下：
1、输入数据处理程序
输入数据处理程序接收输入的零件加工程序，将其用标准代码表示的加工指令和数据进行翻译、整理，按所规定的格式存放。有些系统还要进一步进行刀具半径偏移的计算，或为插补运算和速度控制等进行一些预处理。总之，输入数据处理程序一般包括下述三项内容：
(1) 输入。输入到CNC装置的有零件加工程序、控制参数和补偿数据。其输入方式有光电阅读机纸带输入、键盘输入、磁盘输入、磁带输入、开关量输入和连接上一级计算机的DNC接口输入。从CNC装置的工作方式看，分为存储工作方式输入和NC工作方式输入。所谓存储工作方式，是将加工的零件程序一次且全部输入到CNC装置的内存中，加工时再从存储器逐个程序段调出。所谓NC工作方式是指CNC系统边输入边加工，即在前一个程序段正在加工时，输入后一个程序段内容。对于系统程序，有的固化在PROM中，有的亦是用阅读机输入。无论是用阅读机输入零件加工程序还是系统程序，均有一个阅读机中断处理程序及输入管理程序。前者的作用是将字符从阅读机读入计算机内的缓冲器，一次中断只读一个字符，中断信号由中导孔产生。输入管理程序负责缓冲器的管理、读入字符的存放及阅读机的启停(另有硬件启停开关)等。
(2) 译码。在输入的零件加工程序中含有零件的轮廓信息(线型、起终点坐标)、要求的加工速度以及其他的辅助信息(换刀、冷却液开停等)，这些信息在计算机作插补运算与控制操作之前必须翻译成计算机内部能识别的语言，译码程序就承担着此项任务。在译码过程中，还要完成对程序段的语法检查，若发现语法错误便立即报警。
(3) 数据处理。数据处理程序一般包括刀具半径补偿、速度计算以及辅助功能的处理等。刀具半径补偿是把零件轮廓轨迹转化成刀具中心轨迹。速度计算是解决该加工数据段以什么样的速度运动的问题。需说明的是，最佳切削速度的确定是一个工艺问题，CNC系统仅仅是保证编程速度的可靠实现。另外，诸如换刀、主轴启停、冷却液开停等辅助功能也在此程序中处理。
一般来说，对输入数据处理的程序的实时性要求不高。输入数据处理进行得充分一些，可减轻加工过程中实时性较强的插补运算及速度控制程序的负担。
2、插补运算及位置控制程序
插补运算程序完成NC系统中插补器的功能，即实现坐标轴脉冲分配的功能。脉冲分配包括点位、直线以及曲线三个方面，由于现代微机具有完善的指令系统和相应的算术子程序，给插补计算提供了许多方便。可以采用一些更方便的数学方法提高轮廓控制的精度，而不必顾忌会增加硬件线路。插补计算是实时性很强的程序，要尽可能减少该程序中的指令条数，即缩短进行一次插补运算的时间。因为这个时间直接决定了插补进给的最高速度。在有些系统中还采用粗插补与精插补相结合的方法，软件只作粗插补，即每次插补一个小线段；硬件再将小线段分成单个脉冲输出，完成精插补。这样既可提高进给速度，又能使计算机空出更多的时间进行必要的数据处理。
插补运算的结果输出，经过位置控制部分(这部分工作既可由软件完成，也可由硬件完成)，去带动伺服系统运动，控制刀具按预定的轨迹加工。位置控制的主要任务是在每个采样周期内，将插补计算出的理论位置与实际反馈位置相比较，用其差值去控制进给电机。在位置控制中，通常还要完成位置回路的增益调整、各坐标方向的螺距误差补偿和反向间隙补偿，以提高机床的定位精度。
3、速度控制程序
编程所给的刀具移动速度，是在各坐标的合成方向上的速度。速度处理首先要做的工作是根据合成速度来计算各运动坐标方向的分速度。前已述及，速度指令以两种方式给出，一种是以每分钟进给量(或代码)给出；另一种是以主轴每转毫米数给出。铣床和加工中心以前一种为多数，而车床则以后一种为多数，或者二者都有之。速度控制程序的目的就是控制脉冲分配的速度，即根据给定的速度代码(或其他相应的速度指令)，控制插补运算的频率，以保证按预定速度进给。当速度明显突变时，要进行自动加减速控制，避免速度突变造成伺服系统的失调。速度控制可以用两种方法实现：一种是用软件方法，如程序计数法实现；另一种用定时计数电路由外部时钟计数运用中断方法来实现。此外，用软件对速度控制数据进行预处理，并与硬件的速度积分器相结合，可以实现高性能的恒定合成速度控制，并大大提高插补进给的速度。
4、系统管理程序
为数据输入、处理及切削加工过程服务的各个程序均由系统管理程序进行调度，因此，它是实现CNC系统协调工作的主体软件。管理程序还要对面板命令、时钟信号、故障信号等引起的中断进行处理。水平较高的管理程序可使多道程序并行工作，如在插补运算与速度控制的空闲时刻进行数据的输入处理，即调用各功能子程序，完成下一数据段的读入、译码和数据处理工作，且保证在本数据段加工过程中将下一数据段准备完毕。一旦本数据段加工完毕就立即开始下一数据段的插补加工。有的管理程序还安排进行自动编程工作，或对系统进行必要的预防性诊断。
5、诊断程序
诊断程序可以在运行中及时发现系统的故障，并指示出故障的类型。也可以在运行前或发生故障后，检查各种部件(接口、开关、伺服系统)的功能是否正常，并指出发生故障的部位。还可以在维修中查找有关部件的工作状态，判别其是否正常，对于不正常的部件给予显示，便于维修人员能及时处理。
